Marijampolės kraštotyros muziejuje veikia „Saulėračio“ galerija, kurioje įvairių valstybinių bei kalendorinių švenčių progomis rengiamos Lietuvos tautodailininkų bei menininkų darbų parodos, knygų pristatymai ir kiti renginiai. Muziejus turi kanklių ansamblį, kuris atlieka Suvalkijos krašto ir Mažosios Lietuvos dainas, kanklių muziką, sakmes, ratelius. Jo vadovas – muziejaus darbuotojas Jaunius Vylius. Šioje įstaigoje veikia ir vaikų kanklių mokyklėlė.
Muziejus turi du padalinius: V. Mykolaičio-Putino memorialinį muziejų bei Tauro apygardos partizanų ir tremties muziejų. Tauro apygardos partizanų ir tremties muziejus tai informatyviausias šios rūšies muziejus Lietuvoje. Jame kaupiama ir eksponuojama tremtinių ir partizaninio laikotarpio relikvijos, archyviniai dokumentai, nuotraukos, žmonių atsiminimai, ginklai. Čia yra ekspozicija, skirta pokario rezistencijai Punsko ir Seinų krašte.
Marijampolės kraštotyros muziejuje veikia dvi nuolatinės ekspozicijos: 2001 metais atidaryta „Tautos dvasia“ bei 2008 metais – „Miestas prie Šešupės“.
Marijampolės kraštotyros muziejuje eksponuojami daiktai, rodantys Sūduvos regiono istoriją, buitį.
Šiuo metu muziejuje veikia kūrybinės keramikos dirbtuvės, du etnografijos būreliai, rengiamos edukacinės programos, valandėlės bei kiti renginiai.
Vienu metu muziejus gali priimti grupes iki 25 žmonių.
punskas.pl