Merkinės, Lazdijų ir Seivų girių valdytojo Stanislovo Zalivskio apie 1597 m. statyta medinė bažnyčia išstovėjo maždaug 150 metų. Ji sudegė tarp 1741 ir 1772 metų.
Ties 1776 metais (kiti šaltiniai mini 1772 m.) klebono Jono Chlopickio rūpesčiu buvo pastatyta nauja bažnyčia. Ji buvusi medinė, kryžiaus formos, su dviem koplyčiomis šonuose ir dviem bokštais priekyje. Antrosios Punsko bažnyčios aprašymą aptinkame Lomžos vyskupijos archyve[1].
„Antrosios Punsko medinės bažnyčios aprašymas
Punsko klebono a. a. J. Chlopickio (J. Chłopicki) ir visos parapijos pastangomis aukštumoje, didelėse kapinėse, eriguota bažnyčia iš medinių tašytų rąstų. Ji kryžminio plano, ant mūrinių pamatų, fasadu atgręžta į turgavietę, su dviem bokštais, užbaigtais kupolais, apirusiais ir reikalingais taisymo, su paprastais geležiniais kryžiais viršuje ir tuščiaviduriais bokštų langais. Bažnyčios frontonas trikampis, apkaltas medinėmis lentomis su geležinėmis vinimis, be kryžiaus, su dvivėrėmis staliaus darbo durimis su […] vyriais ir ant geležinių kablių, su kabliuku ir geležinėmis kilpomis iš vidaus.
Centrinę bažnyčios dalį dengia didelis kupolas su paprastu geležiniu kryžiumi virš jo, galinėje dalyje ir virš koplyčių yra mažesni kupolai, taip pat papuošti paprastais geležiniais kryžiais. Koplyčių bei mažesnės dalies bažnyčios stogas senas, dengtas skiedromis, reikalingas taisymo. Jo mylistos A. Vrublevskio (A. Wróblewski) pastangomis restauruojant stogas vietomis perdengtas vienu naujų skiedrų sluoksniu. Bažnyčios sienos neapmuštos, tačiau visi kampai ir pamatiniai rąstai apkalti storlentėmis. Dvivėrės fasadinės durys į bažnyčios prieangį apmuštos, iš išorės nudažytos žaliai, sukaltos geležinėmis vinimis, su […] vyriais ant stiprių geležinių kablių bei su geležinėmis sufrigtomis viršuje ir apačioje. Abiejuose bažnyčios prieangio šonuose vienvėrės apmuštos durys, sukaltos geležinėmis vinimis, iš lauko nudažytos žaliai, su […] vyriais ant stiprių geležinių kablių bei su geležinėmis rankenomis kairėje ir prancūziška vidaus spyna su raktu ir dideliu skląsčiu bei geležinėmis kilpomis ir didele velke dešinėje pusėje. Ties abejomis durimis paprasti mediniai laiptai. Prieangyje molio asla ir lentų perdanga. Prieangį nuo bažnyčios skiriančioje sienoje du dideli langai, iš abiejų pusių įtvirtinti suleistomis tekintomis sijomis. Į bažnyčią veda paprastos dvivėrės durys su […] vyriais ant geležinių stiprių kablių, su geležinėmis rankenomis velkei užstumti. Bažnyčioje grindys grįstos […] kvadratinėmis plytomis – dešinėje ir kairėje, iki pusės prieangio – truputį dar nebaigtos prie pačios baliustrados (nuo durų). Į rūsį, pro dvivėres duris su keturiomis apskritomis rankenomis ir geležinėmis kilpomis, veda 8 mediniai laipteliai. Prieigos ir rūsio sienos sumūrytos iš akmens, be skliautų. Baliustrada tekintų baliustrų, raudonai dažyta, su pagalvėmis bei dviem abipus prikaltomis kabėmis tvorelei laikyti. Per baliustrados vidurį įrengti varteliai – raudonai dažyti, su kniedytais vyriais, stūma ir geležinėmis kilpomis viršuje. Grindys aplink didįjį altorių iš storlenčių, lubos sukaltos geležinėmis vinimis iš obliuotų lentų ir remiasi į aštuonias keturkampių tašytų medinių rastų kolonas. Lubos ties didžiuoju altoriumi nudažytos žydrai, o sienos prie altoriaus bei koplyčių sienos ir lubos – įvairiomis spalvomis. Didelių langų, turinčių po šešias padalas, su […] vyriais ant geležinių kablių ir kabliukais devyni. Vienas iš jų įtaisytas virš choro kampinio balkono. Abiejose pagrindinės navos sienose po keturis langus. Kiekvieno lango viena padala varstoma – ji su geležiniais vyriais, kabliais ir stūmomis. Prieš didįjį altorių taip pat du vienodi langai, kiek toliau už altoriaus – dvi užskydintos vidutinio dydžio langų angos be apkaustų.
Akta konsystorza generalnego diecezji augustowskiej tyczące się Kościoła Puńskiego (lata 1796–1842) Litt F3o Nr. 6, Lomžos vyskupijos archyvas, nr. 288, sign. 418.“
Vertė Daiva Valinčienė
Kunigo Chlopickio statytą bažnyčią ištiko tas pats likimas, kaip ir pirmąją. 1868 metais ji sudegė kartu su klebonija ir kitais gyvenamaisiais ir ūkiniais pastatais.
[1] Akta konsystorza generalnego diecezji augustowskiej tyczące się Kościoła Puńskiego (lata 1796–1842) Litt F3o Nr. 6, Lomžos vyskupijos archyvas, Nr. 288, syg. 418.